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经原福建省水产局批准,福建省水产资源调查队与福建省水产研究所合署办公。
1957年1月22日,福建省水产实验所在厦门市鼓浪屿正式成立,设养殖组、资源组、捕捞组,人员编制10人。1959年6月18日,福建省水产实验所与福建省水产资源勘察队合并,设资源组、养殖组、渔捞组、行政组,人员编制32人;同年9月3日经福建省委批准,福建省水产实验所改名为福建省水产科学研究所。1965年,设立福州、厦门、三沙等三个分所,所部设办公室、养殖室、资源室、渔捞室,人员编制164人。1975年2月18日,正式更名为福建省水产研究所;同年3月,经原福建省水产局同意设渔业资源、海洋捕捞、海水养殖、淡水渔业、渔业机械、水产加工、情报资料及行政办公等科室,调配350吨、400马力调查船一艘,人员编制95人。1979年2月5日,经原福建省水产局批准,福建省水产资源调查队与福建省水产研究所合署办公。