1957年1月22日，福建省水产实验所在厦门市鼓浪屿正式成立，设养殖组、资源组、捕捞组，人员编制10人。1959年6月18日，福建省水产实验所与福建省水产资源勘察队合并，设资源组、养殖组、渔捞组、行政组，人员编制32人；同年9月3日经福建省委批准，福建省水产实验所改名为福建省水产科学研究所。1965年，设立福州、厦门、三沙等三个分所，所部设办公室、养殖室、资源室、渔捞室，人员编制164人。1975年2月18日，正式更名为福建省水产研究所；同年3月，经原福建省水产局同意设渔业资源、海洋捕捞、海水养殖、淡水渔业、渔业机械、水产加工、情报资料及行政办公等科室，调配350吨、400马力调查船一艘，人员编制95人。1979年2月5日，经原福建省水产局批准，福建省水产资源调查队与福建省水产研究所合署办公。