福建省水产研究所成立于1957年，隶属福建省海洋与渔业局，是一个公益型、多学科、综合性的省级海洋与渔业研究机构，也是一所水产学科齐全、技术力量雄厚、学科特色与优势明显、科研综合能力较强的研究所。主要研究领域涉及海洋生物技术、海水养殖新品种繁育和养殖技术、水产养殖病害监测和防治、海洋渔业资源调查与开发管理、渔业环境调查与监测、渔业工程与装备、海洋工程勘察与可行性调查研究、海洋功能区划与海域使用论证、水产品综合加工和水产品质量安全等学科。
根据科研与开发业务的需要，经上级有关部门批准，福建省水产研究所先后设立了农业部渔业产品质量监督检测测试中心（厦门）、国家海水鱼类加工研发技术分中心、东海区渔业资源动态监测网福建省监测站、福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室、福建省海洋渔业种业工程研究中心、福建省水产养殖病害防治中心、福建省水产品质量监督检验站、福建省渔业环境监测站、福建省海域海岛基础数据管理中心、福建海洋与渔业司法鉴定中心、海域与海岛工程研究中心、环境影响评价中心、福建省海洋与渔业厅海水水产良种场、福建省海水鱼类苗种繁育科研中试基地等多个公益性机构。
自建所以来，福建省水产研究所已承担并完成国家和福建省下达的各类科研项目1000多项，1978年至今已有近300项研究成果通过省、部级技术鉴定，并有100多项次获得国家及省部奖励，多数研究成果已推广应用，形成生产力，为我国海洋与渔业经济的发展做出了贡献。
