海洋生态环境工程研究中心前身为福建省水产研究所环境影响评价中心，2014年成立，2017年更名。现有在岗专业科技人员5名，其中副高以上专业技术人员2名，中级专业技术人员1名。主要职能和研究领域：①福建省水产养殖现状、养殖证基础数据库建设；②养殖水域滩涂规划管理与研究；③水产种质资源保护区管理与研究；④涉水工程对渔业环境影响与修复工程技术研究；⑤“智慧海洋”关键技术研究与应用；⑥同时，从事环境影响评价、海岸带空间规划编制、生态评估与修复等公益服务性工作。目前主要管理：福建省水产养殖智慧化管理平台、福建省防灾减灾工程近岸海域和海岸带脆弱生态区无人机自动化巡检等两个省级公益性平台。