福建省水产研究所占地面积10.2万㎡，固定资产6000多万元，仪器设备 1100多台（件）, 价值3100余万元。馆藏专业图书3万多册，国内外专业期刊200多种。近3年连续投入建设与运行经费800多万元。
已建成的分子遗传实验室、可控生态系统实验室、藻类种质保存实验室和综合实验室，配有遗传分析仪、生物显微镜、倍体分析仪、PCR扩增仪等仪器设备33台。已建成的液-质联用仪室、液相色谱室、气相色谱室、原子吸收室、原子荧光室、分子荧光室、生物实验室、毒性实验室、微生物实验室和理化实验室等，配有原子吸收分光光度计、原子（分子）荧光光度计、气相色谱仪、气质联用仪、液相色谱仪、液质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、总有机碳分析仪等仪器设备120余台套。大径基地7.0万m2，建有实验楼、综合育苗室、露天饵料池等，育苗水体2000m3，配备有饵料保种室、完善的供水及供气系统、升降温设备；室外育苗土池11口、总面积4公顷。
